Dr. Auclair utilisent les outils chimiques pour étudier et manipuler les systèmes biologiques. Elle s’intéresse plus particulièrement à la résistance aux antibiotiques, à l’enzymologie et à la biocatalyse (pour la chimie verte). Son groupe de recherche possède une vaste expertise en synthèse, chimie médicinale, enzymologie, processus mécanoenzymatiques, biocatalyse, ainsi qu'en purification, expression et ingénierie des protéines (incluant la bioconjugison). Son objectif principal est de comprendre comment les enzymes fonctionnent et comment elles peuvent être exploitées ou modifiées, et plus particulièrement les protéines d'intérêt d'un point de vue thérapeutique,  telles que les cibles des antibiotiques, les enzymes impliquées dans la résistance aux antibiotiques, dans l’activation et le métabolisme des médicaments. Les résultats de ces études ont des implications dans des domaines aussi variés que la médecine, la biotechnologie, la transformation industrielle, l’agriculture et les sciences de l'alimentation.