La caractérisation des interactions entre les macromolécules biologiques est une étape essentielle dans l’analyse structurale des complexes de biomolécules, que ce soit pour une caractérisation préliminaire de l’affinité ou une analyse approfondie des paramètres thermodynamiques d’une réaction. La plateforme d'analyse des interactions protéines-protéines occupe plusieurs salles du pavillon Bellini du Complexe des sciences de la vie et comprend trois calorimètres à titration isotherme (ITC) et un système de résonance plasmonique de surface (OpenSPR) pour mesurer les affinités de liaison, des instruments de diffusion de lumière statique et dynamique et des ultracentrifugeuses analytiques pour caractériser la masse moléculaire protéique, un spectromètre à dichroisme circulaire (CD) pour déterminer la structure secondaire des protéines, une station de purification Biocomp Gradient, des système d'analyse de la réticulation et de la densité moléculaire ainsi que  plusieurs fluoromètres pour mesurer les affinités de liaison et la stabilité des protéines.